Kegiatan ekstrakulikuler merupakan salah satu wadah bagi peserta didik dalam mengembangkan minat dan bakat. Macam kegiatan terus dikembangkan secara kualitas maupun kuantitas. Kegiatan ekstrakulikuler di MTs./MAS Tahfidz Yanbu’ul Qur’an Kudus pada tahun pelajaran 2020/2021 adalah sebagai ebrikut:
1. Qiro’ah Sab’ah
2. Seni Qiro’ah
3. Qiro’atul Kitab
4. Kaligrafi
5. Rebana
6. Pramuka
7. KIR
8. Pencak Silat
9. Sepak Bola
10. Bola Voli
11. Badminton
12. Tenis Meja
13. Olimpiade (Matematika, Biologi, Kimia, Fisika, Ekonomi)
14. Jurnalistik
15. Robotik
16. Sastra Bahasa