Menurut Permendiknas No 24 Tahun 2007 tentang standar sarana dan prasarana SD/MI, SMP/MTS dan SMA/MA ruang laboratorium biologi berfungsi sebagai tempat berlangsungnya kegiatan pembelajaran biologi secara praktek yang memerlukan peralatan khusus.
Sehubungan dengan hal tersebut diatas Pondok Yanbu Menawan Kudus menjadikan Laboratorium Biologi sebagai laboratorium pendidikan, penelitian, kegiatan pembelajaran sesuai dengan kurikulum Biologi dan mampu menyesuaikan dengan kemajuan IPTEK.
FUNGSI
1. Laboratorium Biologi sebagai Sumber belajar atau sumber pendidikan. Karena merupakan tempat untuk memcahkan masalah dengan atau melakukan percobaan-percobaan (eksperimen) yang berkaitan dengan tujuan pembelajaran.
2. Laboratorium Biologi sebagai metode pendidikan. Banyak metode untuk mencapai tujun pembelajaran ilmu alam khususnya biologi ada dua metode terpenting dalam kegiatan laboratorium yakni metode pengamatan (observation method) dan metode percobaan (experimental method).
3. Laboratorium Biologi sebagai Prasarana Pendidikan. Laboratorium berfungsi sebagai prasarana pendidikan atau sebagai wadah proses pembelajaran