Kurikulum MTs. Tahfidz Yanbu’ul Qur’an Kudus mengikuti kurikulum kemenag. Beberapa mata pelajaran yang diajarkan diantaranya:
- Al-Qur’an-Hadis
- Fikih
- Akidah-Akhlak
- Sejarah Kebudayaan Islam
- Bahasa Arab
- Bahasa Indonesia
- Bahasa Inggris
- Ilmu Pengetahuan Alam
- Ilmu Pengetahuan Sosial
- Matematika
- Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan
- Pendidikan Jasmani, Olah Raga, dan Kesehatan
- Bahasa Jawa
- Prakarya
- Aswaja
- Baca Kitab dan Imla’
Pembelajaran Tahfidz secara formal/didampingi ustadz halaqoh (kelompok kecil) dilakukan pada 3 (tiga) waktu, yaitu:
- Ba’da Shubuh (04.30 – 06.00)
- Ba’da Ashar (15.30 – 17.00)
- Ba’da Maghrib ( 18.00 – 19.30)
Sistem pembelajaran Tahfidz adalah setiap halaqoh terdiri 9-10 santri yang diampu 1 ustadz tetap.
Jadwal Kegiatan Santri di hari Aktif (Sabtu-Kamis)
| No. | Waktu (WIB) | Nama Kegiatan |
| 1. | 04.00 – 04.30 | Bangun Tidur, membaca Nailul Muna, Sholat Shubuh berjama’ah |
| 2. | 04.30 – 06.00 | Halaqoh Shubuh |
| 3. | 06.00 – 06.55 | Persiapan sekolah formal (Mandi dan Sarapan) |
| 4. | 06.55 – 07.15 | Membaca Asmaul Husna dan sholat Dhuha |
| 5. | 07.15 – 12.15 | Pembelajaran Formal |
| 6. | 12.15 – 13.00 | Sholat Dhuhur berjama’ah, Makan Siang |
| 7. | 13.00 – 14.00 | Deres (mengulang/menambah) hafalan secara mandiri |
| 8. | 14.00 – 15.00 | Istirahat Siang (mandi sore) |
| 9. | 15.00 – 15.30 | Sholat Ashar berjama’ah |
| 10. | 15.30 – 17.00 | Halaqoh Ashar |
| 11. | 17.00 – waktu Maghrib | Mandi, persiapan Sholat Magrib |
| 12. | 18.00 – 19.30 | Halaqoh Magrib |
| 13. | 19.30 – 20.30 | Makan Malam |
| 14. | 20.30 – 21.30 | Belajar Malam |
| 15. | 21.30 – 22.30 | Deres mandiri |
| 16. | 22.30 – 04.00 | Istirahat Malam |
Hari Khusus:
- Sabtu Pagi diadakan upacara bendera dan Khitobah (Latihan ceramah bagi santri).
- Kamis pembelajaran formal selesai pada Pukul 12.55 WIB.
- Kamis Sore pada Pukul 15.30 – 17.00 semua santri wajib mengikuti Ekstra Pramuka.
- Jum’at diadakan pelatihan Bahasa untuk mengembangkan kemampuan Bahasa Santri.
- Jum’at merupakan hari untuk kegiatan ekstrakulikuler sesuai minat dan bakat Santri. Kegiatan ekstra ditambahkan pada malam tertentu sesuai kebijakan ustadz pengampu.
Penerapan Bahasa Di Pondok Tahfidz Yanbu’ul Qur’an Menawan Kudus
- Hari Sabtu – Senin menggunakan Bahasa Arab
- Hari Selasa – Kamis menggunakan Bahasa Inggris
- Hari Jum’at dibuat bergantian antara Bahasa Arab dan Inggris.
