Pesantren Yanbu’ul Qur’an didirikan oleh K.H. Arwani Amin Said, seorang ulama besar yang sangat dikenal keilmuannya, terutama dalam bidang al-Qur’an dan Thariqah. Ke’aliman beliau dalam ilmu al-Qur’an dapat dilihat dari kitab karya beliau berjudul Faidl al-Barakat fi Sabil al-Qira’at, sebuah kitab yang akhirnya menjadi pegangan pokok bagi mereka yang mempelajari Qira’ah Sab’ah (bacaan al-Qur’an menurut 7 Imam). Pesantren Yanbu’ul Qur’an didirikan pada tahun 1970 di Kelurahan desa Kajeksan Kudus. Dalam perkembangannya, kini Pesantren Yanbu’ul Qur’an telah memiliki 8 cabang berdasarkan tentang pendidikan santrinya dengan lokasi dan pengasuh yang berbeda.
Pondok Tahfidz Yanbu’ul Qur’an Menawan adalah pondok yang berdiri di bawah naungan Yayasan Arwaniyyah yang didirikan oleh Hardotussyaikh M. Arwani Amin. Kini Yayasan Arwaniyyah telah memiliki beberapa cabang, di antaranya adalah Ma’had ‘Ulumus Syar’iyyah Yanbu’ul Qur’an (MUSYQ), Pondok Tahfidz Yanbu’ul Qur’an (PTYQ) Remaja/Bejen, PTYQ Anak-anak/Krandon, PTYQ Menawan, hingga di luar kota dan di luar pulau jawa.
Berawal dari wali santri PTYQ Anak-anak yang memberikan keluh kesah kepada Yayasan Arwaniyyah, bahwa setelah putra mereka lulus dari PTYQ Anak-anak namun belum menyelesaikan hafalan Al-Qur’annya akan kemana mereka melanjutkan hafalan yang intensif, dengan pondok dan sekolah yang terintegrasi, serta dalam satu area.
“Gayung Bersambut” adalah istilah yang tepat dari peristiwa itu, dimana Yayasan Arwaniyyah mendapatkan gelontaran dana dari Kementerian Agama untuk sarana pembangunan MTs. Seiring dengan itu, Bapak H. Tas’an Wartono (PR. SUKUN) mewakafkan tanah yang diperuntukkan kepada KH. M. Ulin Nuha Arwani di Desa Menawan. Menjawab nikmat Allah ini, Yayasan Arwaniyyah membentuk sebuah tim pembangunan PTYQ Menawan yang diketuai oleh Drs. KH. Abdul Manaf (Sie. Pembangunan Yayasan Arwaniyyah saat itu) dan Drs. H. M. Didik Hartoko (Kopontren Yayasan Arwaniyyah saat itu). Pembangunan PTYQ Menawan pun dimulai pada tahun 2008.
Sejak dulu KH. M. Ulin Nuha Arwani dan KH. M. Ulil Albab Arwani, selaku pengasuh PTYQ Kudus bercita-cita memiliki pondok modern yang berbasis sekolah dengan mensinergikan antara Al-Qur’an, ilmu pengetahuan, serta bahasa asing. Demi merealisasikannya, beliau sering mendatangkan ustadz pengabdian dari PM. Gontor untuk mendidik di PTYQ Anak-anak, namun belum sesuai harapan. Hingga harus menunggu beberapa tahun lamanya dan akhirnya muncullah setitik harapan untuk mewujudkan cita-cita beliau, harapan itulah yang bernama PTYQ Menawan.